La Dirección General de Recursos Hídricos es la encargada del inventario y caracterización del comportamiento del recurso hídrico superficial, subterráneo y costero en todo el territorio nacional, y la evaluación de su potencial y disponibilidad, mediante la operación de redes de observación,  la realización de estudios, para el manejo sostenible de los recursos y la prevención de los desastres naturales causados por inundaciones (crecidas).

A través de las direcciones específicas, realiza investigaciones hidrológicas, hidrogeológicas e hidrográficas en las principales cuencas hidrográficas, acuíferos y en las aguas costeras. Ha conformado el archivo de datos y divulgado los resultados a través de publicaciones.

Realiza la observación de las mareas mediante una red de sensores mareográficos, con el propósito de determinar planos de referencia, entre ellos el Nivel Medio del Mar. Mantiene en funcionamiento una red limnimétrica en lagos y lagunas del Pacífico de Nicaragua, para determinar los rangos de fluctuación de los niveles de agua en estos cuerpos. También ejecuta investigaciones hidrográficas a fin de elaborar cartas náuticas y apoya a otras instituciones en la señalización marítima en nuestras aguas internacionales.

Contribuye a la evaluación, planificación y aprovechamiento racional del agua subterránea, con la confección de mapas hidrogeológicos e hidroquímicos, como aporte base al desarrollo hidroeconómico del país.  Ejecuta estudios de hidrología isotópica evaluando el ciclo hidroquímico e isotópico, con fines de aportar la información para el aprovechamiento racional, conservación y protección del recurso hídrico.  Aplica la modelación matemática a los acuíferos para examinar el impacto de escenarios de explotación sobre las aguas subterráneas.  Asi mismo, realiza estudios de balances hidrogeológicos para la valoración de los potenciales de agua y su relación con las aguas superficiales.  Además monitorea los acuíferos a través de redes piezométricas y ofrece información hidrogeológica a diferentes usuarios. 

Ejecuta estudios hidrológicos para conocer las variaciones del régimen del ciclo hidrológico, como efecto de un cambio climático.  Evalúa cuantitativamente los diferentes cuerpos de agua; usa la modelación matemática para la predicción hidrológica, brindando servicios de alerta temprana contra peligro de inundaciones.  Proporciona a las autoridades nacionales la información hidrológica necesaria para que la toma de decisiones sobre la gestión y desarrollo de los recursos hídricos en el país sea coherente con la sostenibilidad de los mismos.